虫歯が進行して歯の神経を侵し、虫歯菌が根の先端部分(根尖部)にまで達すると、病変は根の外へと拡大していきます。また、炎症が拡がると根の周囲にある顎骨や骨と歯をつなぐ靭帯（歯根膜)が破壊され溶けてなくなり、根尖病変が生じます。根尖病変は、右写真のように根の先の黒い影としてエックス線写真に鮮明に映ります。歯根嚢胞は根尖病変の一種です。
根管治療を行っても治らない場合や、かぶせ物が外せなくて治療が不可能な場合には、根尖部付近の粘膜を切開し、その下の骨を削って根尖病変を取り除く手術を行います。その際には細菌の棲み家である根尖も削って取り除き、根管内にMTAを充填します。
