病理組織検査では切り取った組織をホルマリン漬けにし、その後幾つかの断片に分割します。切りだした断片は脱脂、脱水という手順を踏んだ後に溶かしたパラフィンに付けて固めます。 パラフィン内に包埋された組織片をミクロトームという機械で薄くスライス(薄切)します。薄切した標本をスライドガラスの上に乗せ、ヘマトキシリン・エオジン液で染色します(H-E染色)。骨や歯を含む標本の場合は染色前に脱灰という手順も加わります