歯周病菌は、酸素のある環境ではほとんど活動できない細菌です。歯周病菌は歯と歯肉の境目（歯周ポケット）に巣を作り、進行するにつれてポケットが深くなるため酸素が届きにくく、そのため活動しやすくなるのです。そこで、歯周ポケットを浅くして酸素を届きやすくする（歯周病菌が生息できない状態にする）ため、外科手術を行います。たとえ歯ブラシが届かないほどの深い歯周ポケットでも、歯の根の4分の1がアゴの骨に付いていたら、手術で炎症部を取り除くことが可能です。そして、術後は歯磨きなどで歯垢（プラーク）をなくすケアを行えば新しい結合組織が生まれ、歯とアゴの骨とが自然につながります。
