非定型歯痛（特発性歯痛・突発性歯痛）に対しては、外科的な処置を行えば行うほど症状を悪化させてしまうため全く異なったアプローチ、すなわち内科的治療が必要となります。原因がよくわからない非定型歯痛ですが治療方法は確立しており、三環系抗うつ薬（ドスレビン、アミトリプチリンなど）の投与が有効とされています。これらの三環系抗うつ剤が血中のノルアドレナリンの量を増やすことから、ノルアドレナリン神経伝達が増強されて症状の改善が期待できるのです。最近のデータによると、三環系抗うつ薬による非定型歯痛の治療成績として、約80％で効果が現れています。（残り20％のうち10％は薬物療法の効果がなく、10％は治療拒否）つまり、非定型歯痛には抗うつ薬がよく効くということです。ただし、どうしても精神に働きかける薬に対して抵抗感を持つ方や副作用を恐れる方には、副作用が少なくて効果的な漢方薬を使う方法もあります。
また、三環系抗うつ薬を単独で投与しても症状が改善しない場合は、向精神薬（フェノチアジン）との併用が効果的です。向精神薬にはドーパミン神経伝達を抑制する作用があり、神経回路の混乱を解消させる効果があるとされています。ただし、できるだけ三環系抗うつ剤のみで治療を行うようにし、抗精神薬との併用は可能な限り避ける、あるいは遅らせることが重要です。従って、まずは三環系抗うつ薬を低容量（20〜25mg）からスタートさせ、副作用（便秘、口の渇きなど）を考慮しながら徐々に増量していきます。そして痛みがなくなってきたら、今度は反対に徐々に薬剤の量を減らしていき、最終的には投与を中止します。
非定型歯痛の治療は基本的に数ヶ月〜半年、場合によっては数年にもおよぶ長期戦となります。また、一度は完治したように見えても再発するケースが珍しくありません。従って、非定型歯痛の治療においては、医師と患者の双方が十分なコミュニケーションをとりながら治療を進めていく必要があるといえるでしょう。
