根尖付近の粘膜を切開・剥離し、次いで骨を削除して根尖病変に到達します。フィステル（ろう孔）ができている場合は骨が一部破壊されていて、粘膜を剥離した時点で根尖病変が見えてきます。そこで、根尖病変を鋭匙（えいひ）などで取り除き、根尖部を切断・除去します。次に、切断面の露出した根管内をきれいに掻爬（そうは）し、根管充填します。また、病変を除去した空洞に骨を移植したり、人工骨やエムドゲイン・ゲルを用いて骨再生を促す場合もあります。最後に、粘膜を縫合して手術を終了します。
歯根端切除術は、通常外来にて局所麻酔下で行う比較的小規模な手術です。所要時間は、麻酔の時間も含めて20分〜40分です。
