プロテオミクス
講演後に吉森教授が新年会の宴席の場に残られたのをよいことに、質問攻めにして10ほどの疑問点に答えていただきました。分子生物学的な手法ではオートファジー関連遺伝子を見つけることができなかったこともこの時に教ええてもらいました。
先にも書きましたが、オートファゴソーム内に飲み込まれたタンパク質などが邪魔をしてオートファジー本来の遺伝子やタンパク質が見つけにくいということです。細胞質内に分布するタンパク質を網羅的に調べ上げ、オートファゴソーム内に取り込まれたタンパク質を推定して引き算（subtraction）すれば、残ったものがオートファゴソームを構成するタンパク質になるのではないでしょうか。
この点を尋ねてみると、このような手法はプロテオミクスといってヒトゲノムの解析や田中耕一氏らの質量分析法で可能となった方法だということです。大隅教授が遺伝子を探していた1990年前後（私が大学院生だった頃です）には、プロテオミクスは将来の目標でした。
http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/labs/yoshimori/jp/member/post-3/